Постійне ігнорування цього захворювання призводить до серйозних ускладнень, на лікування яких піде багато часу. У чоловіків може виникнути епідидиміт - запальний процес у придатках насінники. Ця хвороба характеризується сильними болями, підвищенням температури, набряком мошонки. Простатит - ще одне важке наслідок, який помітно погіршить сексуальне життя чоловіка.
Для жінок хламідіоз не менш небезпечний. При несвоєчасному лікуванні починаються запалення в області матки, яєчників, придатків, що протікають у гострій формі. При цьому існує велика ймовірність безпліддя. Якщо захворювання виявиться в період вагітності, необхідно терміново вживати заходів, оскільки воно загрожує передчасними пологами, викиднем. Також може статися зараження плода, в результаті чого почнуться патологічні порушення в розвитку ембріона.
Окремо слід зазначити таке ускладнення, як синдром Рейтера, коли уражаються одночасно сечова система, суглоби і очі. Спочатку з'являється уретрит, у жінок порушується робота статевих органів, потім запалення переходить на зовнішню оболонку очей (кон'юнктивіт). Поряд з цим розвивається артрит, зазвичай в області коліна і гомілки.
В деяких випадках хламідіоз може супроводжуватися іншими інфекційними захворюваннями, що передаються статевим шляхом. У пацієнтів, часто вступають у безладні сексуальні зв'язки, виявляють уреаплазмоз, мікоплазмоз. З метою виявлення хвороби призначають спеціальні аналізи, що дозволяють точно визначити тип і кількість збудників.