Самым сложным этапом, который требует больших физических усилий, является подготовка субстрата. Именно от правильного подготовленного субстрата во многом зависит урожайность и качество гриба. Это связано прежде всего стем, что большую часть всех питательных веществ грибница получает непосредственно из субстрата. Сегодня в продаже стали появляться готовые наборы для выращивания шампиньонов. Если вы ищите подарки своим близким и знаете о том что они любят управляться в своём огороде или выращивают домашние цветы, то небольшой набор для выращивания таких грибов будет очень кстати. Такой набор представляет собой небольшую коробочку, в которой содержится готовый субстрат и грибница, которая достаточно быстро даст первый урожай. Для выращивания грибов с таким набором не нужно готовить каких-либо специальных условий. Зачастую достаточно просто поместить его на подоконнике, спрятать от открытого солнца и обеспечить регулярный полив.
Основным элементом субстрата для шампиньонов является компост. Компост лучше всего готовить из конского навоза и ржаной соломы. Если нет конского навоза, то можно использовать коровий или птичий, но в этом случае результаты могут оказаться немного хуже. Для улучшения урожайности можно добавлять мочевину и суперфосфат. Профессионалы рекомендуют добавлять в уже готовый субстрат мел и гипс. Ну а в качестве посевного материала для выращивания шампиньонов используют специально подготовленный мицелий. Сегодня производится два вида мицелия. Это зерновой мицелий (более урожайный) и компостный.